vencer".
Retrocedendo os acontecimentos para o primeiro torneio da série, hospedado por Shang Tsung, uma versão do passado de Raiden tem visões do futuro, devido ao seu amuleto agora rachado. Raiden chega à conclusão de que o lutador Liu Kang deve vencer o torneio e salvar o Plano Terreno da Exoterra. Embora Liu Kang consiga, o amuleto de Raiden continua a deteriorar-se, um sinal de que eventos futuros mantêm-se inalterados.
Decepcionado com a derrota da Exoterra, Shao Kahn ordena a execução de Shang Tsung, mas cede quando o feiticeiro sugere um segundo torneio na Exoterra. Raiden tenta mudar a linha do tempo, substituindo Liu Kang (originalmente o vencedor do torneio) por Kung Lao, na esperança que ele fosse o o campeão do segundo torneio. Shao Kahn, no entanto, mata Kung Lao em combate, e Liu Kang enfurecido fere mortalmente o vilão. Raiden observa que a linha do tempo ainda não foi alterada, já seu amuleto continua a deteriorar-se.
Curado pelo feiticeiro Quan Chi, Shao Kahn então faz uma aliança com o feiticeiro e invade o Plano Terreno. Juntamente com lutadores como Nightwolf, Raiden e Liu Kang tentam parar Kahn, mas muitos de seus aliados são assassinados pela esposa de Shao Kahn, Sindel, que foi ressuscitada por Quan Chi, assim, Nightwolf se sacrifica para mata-la. Então, Raiden enfrenta Quan Chi, e pela aliança com Kahn, percebe que a mensagem, "ele deve vencer" refere-se a Shao Kahn - se Shao Kahn fundir a Exoterra com o Plano Terreno, ele será punido pelos Deuses Anciões por violar as regras do Mortal Kombat. Liu Kang, no entanto, acusa Raiden pela morte de seus aliados e o ataca, enquanto Shao Kahn se aproxima. Na tentativa de preservar o futuro, Raiden acidentalmente mata Liu Kang. De luto, Raiden se rende a Shao Kahn. Os Deuses Anciões intervêm, possuindo Raiden e usando-o como uma forma de condenar e punir Kahn por quebrar as regras do Mortal Kombat. Após matar Kahn, Raiden promete proteger o Plano Terreno com os sobreviventes Johnny Cage e Sonya.
É revelado que Quan Chi na verdade tem uma aliança com o seu mestre, Shinnok, e pretende tirar vantagem do caos que toma conta dos reinos e da derrota de Shao Kahn para conquistar tanto o Plano Terreno quanto a Exoterra, em nome do Submundo. O final do "Modo História" já diz quem será o vilão da sequência do jogo.
